L'abbaye Saint-Marien d'Auxerre est le plus ancien établissement religieux du diocèse d'Auxerre, fondé vers 429 par l'évêque d'Auxerre, Germain. Initialement nommé Saint-Côme-et-Saint-Damien, elle prend le nom de Marien, l'un de ses chanoines reconnus par sa sainteté, au VIe s.
Installée sur la rive droite de l'Yonne, l'abbaye est ruinée lors des invasions normandes en 887. La reconstruction des bâtiments monastiques a lieu au XIIe s. : Itier, moine clerc entreprend le rétablissement de la chapelle entre 1123 et 1138. A la même époque, à la demande de l'évêque Hugues de Mâcon, et sur la sollicitation du comte Guillaume, une communauté de moines venant de l'abbaye de Prémontré s'installe à l'abbaye, remplaçant alors les moines bénédictins qui avaient désertés l'abbaye au IXe s.
Dès son installation, la nouvelle communauté religieuse est richement dotée : Louis VII lui accorde l'exemption générale d'impositions et de taxes sur les marchandises (1163), le comte lui concéde le droit de haute justice et de disposer d'un bailli.
Les premiers religieux s'installent vers 1139-1140 et entreprennent de grands travaux de reconstruction, d'autant que l'évêque d'Auxerre leur a concédé les anciens bâtiments du couvent de femmes de Saint-Martin, situés à quelques 300 mètres des anciens bâtiments de Saint-Marien : l'église de l'ancienne abbaye Saint-Martin devient l'église Saint-Martin-lès-Saint-Marien. Dans l'attente de l'achèvement des travaux, les religieux s'installent dans le monastère Notre-Dame-la-D'Hors en limite du castrum d'Auxerre, sur la rive gauche ; à la fin des travaux, en 1169, quelques religieux y resteront pour desservir la paroisse.
En 1358, les troupes anglaises envahissent la région et dévastent l'abbaye : les moines se réfugient à Notre-Dame-la-D'Hors ; à leur retour en 1373, il ne reste plus que la chapelle Saint-Côme-et-Saint-Damien.
En 1567, les moines quittent à nouveau l'abbaye devant l'avancée des troupes protestantes. En 1570, à la demande des autorités et par crainte de laisser les bâtiments monastiques aux mains des envhaisseurs, les moines détruisent à la poudre l'abbaye et l'église paroissiale Saint-Martin-les-Saint-Marien, dont il ne subsiste aujourd'hui plus qu'un pilier.
Les religieux définitivement installés à Notre-Dame-la-D'Hors entreprennent des travaux d'agrandissement et d'améliorations des bâtiments existants : l'église paroissiale est élevée entre 1580 et 1650 et les contemporains s'entendent pour la décrire comme l'édifice le plus élégant et le mieux construit de la ville. Au nord de l'église s'étendent les bâtiments monastiques dont la construction s'étend entre 1656 et 1675 et le logis abbatial construit en 1725.
En 1782, l'église s'éffondre ; sa reconstruction est entreprise rapidement, toutefois, l'abbaye ayant été nationalisée en novembre 1789, elle est transformée en magasin à fourrages en 1793, puis vendue et démolie, comme une grande partie des bâtiments conventuels, en 1799.
